El origen de la Alianza se remonta al año 2003 cuando Fundación Empresarios por la Educación, Fundación Dividendo por Colombia, CTA, Comfama y Fundación Proantioquia se unieron para poner en marcha una iniciativa encaminada a mejorar la calidad de la educación en el Valle de Aburrá, por medio de talleres de aula en las áreas de matemáticas y lenguaje. Esta alianza a su vez incorporó a las secretarías de Educación de los municipios que querían desarrollar el Modelo Escolar para la Equidad inicialmente conocido como MEPE.

A partir del año 2010, los aliados cambiaron, y Alianza se consolidó como un programa con un horizonte estratégico definido para cuatro años consecutivos, desarrollado en algunos municipios de la subregión del oriente cercano. Adicionalmente, se vincularon Fundaciones como Fraternidad Medellín, y posteriormente, Celsia, logrando expandir el programa a más subregiones y municipios del departamento. Desde el año 2013 se fortaleció el modelo pedagógico con innovaciones adaptadas a las necesidades y al contexto de Antioquia, se incluyó la estrategia de investigación escolar y la inclusión educativa, y fue así como pasamos del MEPE al modelo Alianza con Calidad y Equidad. Actualmente, transformamos nuestro enfoque mejorando procesos de la gestión académico – pedagógica por medio del acompañamiento a docentes y estudiantes, utilizando las metodologías activas, la incorporación de las habilidades del siglo XXI y el trabajo experiencial en el aula, y, además, se vincularon nuevas innovaciones, como la estrategia de ciencias naturales y el componente institucional personalizado para cada institución.